尽管大马伊斯兰发展局（Jakim）已下令禁止穆斯林参与与非穆斯林的联合祷告会，但穆斯林组织依然继续展开跨宗教的活动。
大马伊斯兰青年运动（ABIM）及大马穆斯林革新理事会（ IKRAM）异口同声向《透视大马》说，他们固然尊重JAKIM的议决，不过他们依然会继续主办跨宗教的活动。
伊斯兰青年运动与穆斯林革新理事会是国内最大及著名的全国性穆斯林组织，会员遍布各州。
这两个组织每年平均会主办10项与非穆斯林的跨宗教活动， 以促进不同族群间的谅解与和谐。
这包括穆斯林拜访庙宇与教堂、各宗教领袖间的公共对话以及各族群参与的体育活动。
伊斯兰青年运动主席莫哈末莱米说，这项祈祷的争议不应成为阻止宗教间对话和活动的课题。
“这类活动不会对任何人的宗教构成威胁，我们必须增加跨宗教对话来促进彼此间的了解。”
不过，这两个组织皆表示没有在活动时主办联合祈祷活动。
伊斯兰发展局在志期8月7日的信函中指出，穆斯林被禁止在同一个活动中与其他宗教信仰的人一起祷告。有关限制包括所有参与者，穆斯林与非穆斯林，不管是各自默念祷告或不同宗教信仰轮流祷告。
这项禁令是包括在活动开始前，穆斯林与其他宗教信仰人士同时各自祷告；或在活动开始前，穆斯林与非穆斯林群组轮流祷告。
国民团结及融合局属下的促进跨宗教谅解与和谐委员会（JKMPKA）通过一封誌期9月3日的信函发出有关指令。
穆斯林革新理事会的巴德里沙教授指出，该组织会遵守伊斯兰发展局的建议，同时也欢迎JKMKPA着重团结的讯息。
“穆斯林革新理事会一直致力于主办促进和平与谅解的活动，同时也在不同的宗教及社群众筑起桥梁。”
他说，联合祈祷的争论不会影响该组织每年主办的跨宗教活动。
穆斯林革新理事会其中最委任津津乐道的活动是穆斯林学校的儿童参观庙宇及教堂，同时也主办名为“和谐杯”的足球赛。
巴德里沙说，“和谐杯”顾名思义是各种族组成的足球队，旨在重振我国在1980年进入奥运会的大马足球队精神。