印尼是一个有排华传统的国家，大规模的排华骚乱间歇性的就发作一次，而且愈演愈烈。以1740年荷兰殖民当局制造的“红溪惨案”为开端，印尼曾爆发过多起大规模的排斥、屠杀、华侨华人的暴行。1945 年11月的泗水惨案、1946年3月的万隆惨案、1946 年6月的文登惨案、8月山口洋惨案、9月的巴眼亚底惨案和1947年1月巨港惨案等等都是极其恶劣的暴力行为（人民网文史频道）。而建国后，印尼共有三次针对华人的种族灭绝性大屠杀（内容及证据太多，只简略介绍下）
第一次大屠杀，9.30事件
苏哈托得到美国和台湾当局的支持，推翻亲tg政府。以反g为名，大批屠杀华人，在这个过程中，台湾和印尼亲台华人不但为苏加托政权提供大量武器弹药，还利用自己熟悉华人社会的特点，为苏哈托提供情报和大量华人名单，使得不熟悉华人社会的印尼军警可以准确地捕杀亲tg的华人。
苏哈托政变并开始大屠杀后，所有持有中国护照的人，大都躲进了中国大使馆。大约9万多旅居印尼的中国人和亲tg的华侨撤回了大陆，主要安置在广东广西两地。而未能及时逃离的华人，除了亲台湾的外，大都被台湾情报机构和当地反tg人交给了印尼加以甄别、关押或杀害。美国中央情报局曾经把这段时间的印尼称为“20世纪最惨的集体谋杀”，估计有50万名 “左翼分子”被杀，另有60万名未经任何审判被关进牢里。（澳大利亚莱格著《苏加诺政治传记》有详细记载）
930事件之后，tg与印尼断交，而印尼马上跟台湾建立了外交关系。
美国和澳大利亚参与并支持了这场屠杀。美驻印尼大使马歇尔•格林和中央情报局官员于1990年承认，他们向印尼将军们提供了数千名印尼gcd在全国、地区和地方的领导人的处决名单。澳大利亚军方为参加屠杀的印尼军队提供训练。90年代初任首相的保罗•基定总结说：苏哈托的政变，是澳大利亚战后战略史上最重要和最有益的事件。西方对这一血洗过程欢欣鼓舞，1965年后期至1966年初期，美国和澳大利亚外交官们在给他们政府的报告中说到：印尼军队和“msl”组织相互合作，以枪杀、刀砍和棒殴等方式，每天至少屠杀1500名印尼共产党嫌疑分子；有时候，还把被害者的头颅割下来游街示众。
第二次大屠杀“红碗事件”
自1967年10月开始，印尼当局将西加里曼丹与马来西亚交界处一片广袤的土地划为 “红线区”，强迫居住在该区域内的华人往山口洋、坤甸等都市迁移；印尼军方还散布摇言，指称有9名大雅族（印尼高山原住民）的长老被华人所杀，挑起了针对华人的“红碗事件”（报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。这是复仇的记号，任何大雅人见到红碗，都有责任将屋里的人赶尽杀绝），再次导致大批华人被屠杀。
“红碗事件”发生后，tg的使馆留守人员一面进行外交交涉，一面通知当地的华人社团，到使馆避难。但此时台湾当局，为了维护与印尼的关系，在政治第一，生命倒数第一的思想指导下， 向印尼华人社团发出电报，要求当地华人不要逃难，不要参加tg组织的 “撤侨”，要“想尽各种办法留在印尼”当地。为了执行电文的精神，台湾军事情报机构在印尼的工作人员组织人力，在印尼当局的配合下，对逃难的华人进行诱骗和堵截，千万百计阻止他们前往中国大使馆避难。（原文见台湾出版的《苏加诺时代印尼排华史实》一书丘正欧著）
这场由印尼当局策划，由台湾当局帮助实施的大屠杀，导致整个加里曼丹拉力、昔焦窝、打腊、沙那京一带的华人几乎全被灭绝，数十万华人，仅仅只有5000多人成功摆脱了台湾情报人员和印尼军警匪徒的阻截，逃入中国大使馆避难而获得幸存。
第三次大屠杀
1998年，由于经济危机的影响，苏哈托政权面临危机，为了转移社会矛盾，苏哈托政权再次祭起了种族灭绝。tg通过自己的情报渠道，提前获得印尼又要开始大屠杀的消息，中国驻印尼使馆人员情急之下，直接赶往当地华人社团领袖家中请求见面，欲将大屠杀的消息告诉他们，以便及时组织疏散逃难。不料当地华人社团领袖，竟然拒绝见面，中国外交人员在紧急之下，直接破门闯入，将印尼当局即将开始大屠杀的消息告诉 了他们，请他们赶紧利用手中掌握的人员信息和渠道组织疏散逃难。
但是，当地华人社团头目，大都是亲台反tg（亲tg的都被杀了），可能还兼具台湾军事情报机构人员和印尼华人社团双重身份。头目在请示了台湾当局后，竟然将中国外交人员上门告知情报的事情，向苏哈托政权进行了汇报，说中国干涉印尼内政。苏哈托大怒，下令立即提前开始实施屠杀计划。
亲台反tg团体，焚烧五星红旗！殴打前往华人社区组织撤离的大使馆人员，请求台湾方面提供保护！而台湾方面，则强烈敦促印尼各华人团体，谨记汉贼不两立！切不可受共匪蛊惑！不可投入共匪怀抱！同时对印尼抗议，印尼置之不理继续屠杀。后来台湾自己都懒得抗议了。一些华人好不容易逃到台湾，台湾却要求，他们必须先返回印尼首都雅加达办理签证，这等于是叫他们去死！（详见《中國時報》1998.05.16印尼歸僑痛批（台湾）政府效率）
而tg想尽各种办法撤侨，中国大使馆挨个给印尼高官打电话，甚至拿钱贿赂，让他们高抬贵手，放华人一条生路，使馆人员四处散发空白护照，开车冲入屠杀的街头，寻找滞留幸存的华人华侨。使用中国南方航空和香港国泰航空的飞机，租用外国两艘客船。但是，一些印尼华人以为自己是亲台反tg的，印尼暴徒不会杀他们 ，而且台湾也会派人接应他们，所以拒绝听从tg安排的撤离。很多撤到机场的华人，看见飞机上面涂的五星红旗（如果没有五星红旗，会被印尼当成不明国籍的飞机击落），拒绝登机（详见《中國時報》1998.05.16）。
由于实际掌握了当地华人名单和信息的台湾情报机构的阻挠和出卖，印尼当地华人在屠杀开始前，只有少数人能及时得到中国使馆人员的通知，仅仅只有300名印尼华人在屠杀时赶往中国使馆进行登记寻求帮助。大屠杀开始后，只有3722名华人签名领取了中国大陆护照，另有5000多名华人愿意进入大使馆避难。
中国大陆护照是很难用，免签国没几个，但是在这种政治屠杀中，能防刀防子弹！那些印尼猴子提着砍刀冲过来，一看是中国大陆的护照，转身就走！在整场骚乱中，3722名持中国大陆护照的华人全部生还。（事后苏哈托在的亲信法庭上辩解说，他们没杀中国人，杀的只是印尼籍华人，苏哈托认为，只要不杀持中国护照的华人，就不会搞砸中印关系。事实上，他们连持台湾护照的华人都杀）。
几点后续
1、中国联合几个老欧洲国家通过联合国分裂印尼，东帝汶还没独立就邀请其独立运动头头访华，正式建国后第二天就承认，外交部长去参加开国典礼，期间印尼总统瓦西德频频访华，在保证对相关人员进行处理和跟随中国路线的情况下，中国没继续搞亚齐独立。
2、苏哈托的子女亲属被反对派从政府机构中清扫出去，大部分入狱，全部财产被充公。反对党首领是跟tg关系不错的印尼国父苏加诺的女儿梅加瓦蒂。梅加瓦蒂的政党是98年屠华事件之后才成立的，她后来成为印尼总统，据说背后有某国的扶持，所以不难理解，为什么后来，中国跟印尼关系突然变得那么好。
3、2001年，中国以渔船被截击为理由，搞“打击海盗行动”，将1艘“不明国籍”的武装护卫艇级军舰击沉，并布置SU-27战机，数艘“宋II” 级潜艇。
4、2003年处理多名参与98事件的高级将领，并且秘密签署所谓“中印两国谅解备忘录”。并根据协议中规定，在印尼本土对军队、内卫警察部队参与98事件人员，进行秘密抓捕。根据新加坡马来报道，03年1年内多达231名军官被捕，4名将军被软禁。
5、经过了这次事件，海外华人团体纷纷倒戈，大约三分之一的海外华人团体不再视台湾为华夏正统，并倒向tg（在此之前海外华人团体90%以上反g。另：其实在50年代之前，海外亲tg华人团体为数不少，但经历了麦卡锡主义之类的反g运动之后，大多凋零殆尽），其余的即使不认同tg，也不会把tg拒之门外。在阿扁执政期间，倒向tg的海外华人团体超过50%，其余的通常都倾向于两者皆承认（在社团的大堂里，青天白日和五星红旗同时悬挂）。
6、中国大陆开始向各国非正式的宣布，台湾护照跟中国大陆护照有同等法律效应。因为以前只是自己内部默认，一旦再出印尼之类的事，外国翻脸不认台湾护照，交流渠道不畅很容易出事。
7、从今以后，再也找不到拒绝接受tg帮助的海外华人台湾傻X了，毕竟内战是两党的，命是自己的，不论是埃及动乱、利比亚撤侨，还是海地骚乱（这还是台湾的邦交国，但我们有维和部队在海地），他们的第一个反应都是去找大陆的撤侨飞机。